Hijo de Marie Crespy y de Martin Hotteterre y nieto de Jehan Hotteterre, maestro tornero francés y fabricante de instrumentos musicales de la familia de viento de La Couture en Normandía, la cuna de la carpintería en Francia. Alrededor de 1635 su abuelo se instaló en París y abrió un taller para hacer instrumentos de viento en la rue Neuve Saint-Louis. 

Jean Hotteterre trabajó en el taller familiar en la Rue de Harlay, París hasta su muerte en la corte de Luis XIV . Él y sus hermanos Jacques-Martin y Nicolas hicieron muchas mejoras al oboe, creando una versión "interior" similar a la chirimía, se hizo la disminución del diámetro del agujero, la división en tres piezas y la disminución del ancho de la caña. Además de la adición de claves para facilitar la digitación.  

Fue miembro de una de las familias fundadoras de luthier de viento en París, cuyos descendientes finalmente se casaron con otras familias de luthier famosas como Buffet (desarrolladores del clarinete moderno). Este Hotteterre también fue el intérprete de mussette (gaita) de la corte de Luis XIV. Obtuvo el cargo de ‘tapa del oboe y musette de Poictou’ del rey en Versalles, en sucesión de Pierre Varin, el 4 de enero de 1651.

Entre sus composiciones cabe destacar “La Nopce Champêtre ou L’Himen Pastoral”,  una suite de 26 piezas características para musette y bajo continuo extraídas del volumen "Pieces pour la musette"; es una colección de pequeñas piezas que cuentan la historia de la celebración de una boda. La obra fue publicado póstumamente en París en 1722 por su hermano mayor, Jacques Hotteterre.